2002 m. lapkričio mėn. Lietuvoje pirmą kartą pristatytas Alfa kursas. Tuo metu iš kitų šalių sugrįžę ar atvykę žmonės šią iniciatyvą pasiūlė ir savo bažnyčioms. Taip 2003 m. Vilniuje, Kaune ir Panevėžyje prasidėjo pirmieji Alfa kursai.
Augant kursų skaičiui, atsirado poreikis koordinuoti jų veiklą Lietuvoje. Tuomet Katalikų evangelizacijos centre buvo įdarbintas asmuo, atsakingas už Alfa kursų sklaidą, plėtrą ir bendradarbiavimą su Tarptautiniu Alfa.
Kai Alfa kursai išplito po visą Lietuvą ir įvairias krikščioniškas denominacijas, iškilo poreikis turėti savarankišką organizaciją, galinčią dar plačiau ir efektyviau skleisti Alfa viziją. Todėl 2017 m. gegužės 2 d. oficialiai įregistruota asociacija „Alfa kurso centras Lietuvoje“.
Alfa kurso centras Lietuvoje yra autonominė, save išlaikanti organizacija, tiesiogiai nepriklausoma nuo jokios denominacijos. Tokiu būdu siekiama, kad Alfa kursas galėtų laisvai plisti visoje krikščionijoje.